O Zika vírus durante a gravidez pode causar microcefalia porque foram encontrados vírus no líquido amniótico que envolve o bebê durante a gravidez e também no líquido cefalorraquidiano, presente no sistema nervoso central, dos bebês que já nasceram e foram diagnosticados com microcefalia.

No entanto, a relação entre o Zika vírus e a microcefalia não é totalmente conhecida. A hipótese aceita é de que o vírus ao ser 'protegido' pelo sistema imune possa atravessar a barreira placentária, chegando ao bebê. Essa 'proteção' pode acontecer da seguinte forma:

Quando a mulher pega Dengue, suas células de defesa atacam e vencem o vírus da dengue, mas estas células quando se encontram com o Zika vírus, que é muito parecido com o da dengue, somente englobam este vírus, mas não conseguem eliminá-lo do corpo. Com esta proteção, o vírus pode alcançar todas as regiões do corpo, que normalmente não podem ser alcançadas, e dessa forma ele pode atravessar a placenta e chegar até o bebê, causando microcefalia.

Fonte: http://www.tuasaude.com/zika-virus-pode-causar-microcefalia/